Nhưng cần lưu ý là chiều rộng của case máy tính MasterBox Lite 5 chỉ 200 mm nên giới hạn chiều cao tản nhiệt CPU ở 160 mm, những dân IT chơi tản nhiệt cỡ lớn chẳng hạn như dòng Noctua NH-D15, Phanteks U Type PH-TC12DX hay Cryorig R1 Ultimate sẽ không thể lắp vừa. Đối với anh em thích tản nhiệt nước thì MasterBox Lite 5 cũng hỗ trợ với một rad 120 mm lắp sau và một rad 240 – 360 mm (quạt dày tối đa 50 mm) lắp tại mặt trước. MasterBox Lite 5 được lắp sẵn một quạt 120 mm và còn chỗ trống cho 3 quạt 120 mm hoặc 2 quạt 140 mm tại mặt trước. Khoang chứa PSU cũng được làm tách biệt, hỗ trợ các loại nguồn dài đến 180 mm. Các khay SSD và ổ cứng 2,5″/3,5″ được bố trí tại mặt trên khoang PSU cũng như vách thùng.

Với thiết kế hao hao dòng MasterCase, các cổng I/O được bố trí tại phần cắt xiêng trên đỉnh thùng máy với 2 cổng USB 3.0, jack âm thanh đầu vào/ra. Phần viền quanh khu vực cổng truy xuất được làm bằng nhựa màu và có thể tháo thay tạo sự cá nhân hóa. Tương tự với phần nhựa dưới đáy mặt trước. Cooler Master còn đăng tải file thiết kế của cả 2 thành phần thay được này để người dùng có thể tự chế theo ý thích bằng máy in 3D.

Ngoài side panel được làm bằng nhựa acrylic trong mờ thì front panel cũng được làm bằng nhựa trong được Cooler Master gọi là DarkMirror, có thể tháo ra được. Đây là một thay đổi sáng giá trên dòng case máy tính dân MasterCase bởi nhờ lớp nhựa trong này, chúng ta có thể thoải mái khoe hệ thống quạt LED.